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市販のヨーグルトに含まれる乳酸菌の多くは胃酸・胆汁で死滅し、腸内フローラの構成をほぼ変えない。Suez ら（Cell, 2018）の研究では、プロバイオティクス摂取後の腸内細菌変化は限定的で個人差が極めて大きく、一部の人では腸内フローラの自然回復を妨げる可能性が示された。